Domenica 3 marzo, monsignor Pizzaballa, ha visitato i simboli della città: nelle prime ore della mattinata ha fatto visita al Museo nazionale della Magna Grecia e ai Bronzi di Riace. Sempre nella mattinata, alle 12, il patriarca latino di Gerusalemme ha presieduto la celebrazione eucaristica presso la parrocchia di Santa Maria Cattolica dei Greci. Alle 17, monsignor Pizzaballa ha condotto un incontro ecumenico per poi incontrare i giovani della città, alle 19, al “Villaggio dei giovani”, uno dei beni confiscati alla criminalità organizzata gestiti dalla associazione Attendiamoci Onlus. Dopo il dialogo e la cena coi ragazzi, il rientro presso il Seminario arcivescovile “PioXI”, dove, la mattina seguente, prima della partenza, il presule ha presieduto la Santa Messa mattutina salutando i seminaristi.
Accanto all’impegno accademico come biblista, l’azione pastorale di padre Pizzaballa si è contraddistinta per equilibrio e spiccata capacità strategica e diplomatica; nella complicata mediazione tra lo stato d’Israele e le autorità palestinesi, ha dichiarato di essere disponibile al dialogo con tutte le forze presenti nel territorio, per garantire la presenza della comunità cristiana in Terra Santa, che sente in pericolo. La sua voce è stata una delle più ascoltate nell’intricato mondo politico religioso della Terra Santa. Nel maggio 2014 papa Francesco ha affidato a padre Pizzaballa l’incarico di organizzare l’incontro di preghiera tra il presidente d’Israele Shimon Peres, il presidente dell’Autorità Palestinese Abu Mazen e il Papa stesso alla presenza del Patriarca di Costantinopoli Bartolomeo I’incontro svoltosi effettivamente l’8 giugno 2014.
Anche per questo motivo il suo governo è stato insolitamente lungo, dodici anni consecutivi, essendo stato riconfermato alla guida della Custodia per ulteriori tre anni nel maggio 2010 e nel giugno 2013. Con tali rielezioni il governo di padre Pizzaballa è diventato il più lungo dal 1946.
Termina il suo incarico di Custode il 20 maggio 2016, quando viene nominato il suo successore, padre Francesco Patton.
Dal 24 giugno 2016 è amministratore apostolico di Gerusalemme dei Latini.
